El arzobispo de Iruñea y obispo de Tutera considera que existe «un intento de marginar lo religioso» que, según apunta, en ocasiones incluso «se considera un peligro para la sociedad». Esta apreciación de Francisco Pérez se recoge en un artículo titulado ``La labor de la Iglesia por las misiones'', publicado en el semanario diocesano "La Verdad".

En ese escrito el arzobispo alude al «individualismo y el personalismo» como «una de las flojeras que hoy sufre el cristiano» y plantea que ante nuevos tiempos es necesario «nuevo ardor, nueva dinámica y nuevos métodos».

Apunta que «se ha perdido la savia que da fuerza a la sociedad y se buscan remedios bajo la capa de cultura» y en este contexto dice que «se intenta marginar lo religioso e incluso se le considera un peligro para la sociedad».