El Ayuntamiento de Uharte tiene documentos en su haber, que datan de distintas épocas, en los que se especifica que la iglesia de San Juan es de su propiedad. Por eso ha decidido llevar al Arzobispado ante la Justicia, después de que en 2003 la Diócesis se apropiara del edificio, inscribiéndolo a su nombre. El alcalde de Uharte, Javier Basterra, opina que tiene más del 99% de posibilidades de ganar el pleito.

La demanda, que dirigen los abogados Marta Segura y Fernando Isasi, se ha presentado ante el Juzgado de Agoitz. En ella se solicita la nulidad del documento elaborado por el Arzobispado y la declaración de que el templo pertenece «única y privativamente» a la villa de Uharte. Por su parte, Basterra aseguró que no se discute sobre cuál es el fin o sobre qué uso se va a dar al templo, sino que el proceso pretende determinar «a quién pertenecen las piedras y el suelo». La demanda también hace referencia a elementos internos como la virgen gótica o el retablo.

El Ayuntamiento esgrime documentos que hacen referencia al siglo XVI y también otros más recientes, de 1820, en los que el párroco reconoce que la iglesia es propiedad de un patronato, siendo el Ayuntamiento de Uharte el máximo responsable de este organismo. Estos escritos permiten a la villa argumentar que el edificio y el suelo les pertenecen desde tiempo inmemorial. Otros indicios apuntalarían esta tesis, como el hecho de que el Ayuntamiento siempre haya poseído las llaves de esta iglesia y que el escudo de la villa esté grabado en una de sus piedras. Además, hay documentos más antiguos en los que se detalla cómo la Corporación municipal corrió con los gastos de mantenimiento y reconstrucciones.

La decisión de acudir a los tribunales para reclamar la propiedad del templo se tomó en 2007, cuando el Ayuntamiento reservó una partida económica para afrontar los costes del proceso. El alcalde considera que, durante estos cuatro años, se han preparado a fondo los argumentos que llevarán ante el juez, por lo que están confiados.