El Centro Permanente de Iniciativas en favor del Medio Ambiente (CPIE) del litoral labortano ha manifestado su oposición al proyecto de superpuerto de Pasaia aduciendo el «impacto importante que tendría en el entorno que ocupe y también en las zonas naturales colindantes» como el Dominio de Abbadie y la cornisa de Hendaia, integrados ambos en la red Natura 2000. EL CPIE subraya que las obras alterarían, además, la calidad del agua durante meses y aumentaría la presencia de sedimentos en la misma por lo que las especies animales y vegetales se verían afectadas negativamente. Apuntan, asimismo, los riesgos industriales que deberá soportar la población e invitan a la misma a expresar su opinión antes del 28, día en que finaliza el plazo de alegaciones.