La decisión de la Comisión Europea de pedir a Italia información sobre los beneficios fiscales inmobiliarios de los que goza la Iglesia, al considerar que podrían ser ayudas públicas ilegales, ha suscitado una gran polémica en el país. Aunque oficialmente es un Estado laico, gran parte de los cargos públicos mantiene un fuerte un vínculo con el clero.

Así, tanto la derecha como el centro ha rechazado la investigación de Bruselas, aplaudida únicamente por la izquierda. El Gobierno también se ha posicionado en contra.

A falta de un pronunciamiento público de Prodi, dos de sus ministros han salido en defensa del régimen fiscal de la Iglesia. El ministro de Justicia, Clemente Mastella, que se declara católico, expresó su temor a que «se alce la usual polvareda anticlerical ante una simple y legítima petición de la UE». El titular de Infraestructuras y ex magistrado de Anticorrupción, Antonio di Petro, denunció «la instrumentalización política para poner palos en las ruedas de los que hacen el bien». En su opinión, la UE «haría mejor en ocuparse de los paraísos fiscales».

El líder de la Unión Demócrata Cristiana en la Cámara de los Diputados, Luca Volont, acusó a la izquierda de estar detrás de esta iniciativa de Bruselas. Su compañero de partido y ex ministro de Asuntos Europeos, Rocco Buttiglione, emplazó a la Comisión a «no alimentar las aspiraciones de una UE anticlerical». Buttiglione tuvo que renunciar a su cargo de comisario europeo por decir que la homosexualidad es un pecado.

Por su parte, Maurizio Lupi, de Forza Italia, instó a Prodi a «tomar distancias de los anticlericales que se agitan en su coalición y defender el papel social insustituible que tiene la Iglesia». Sólo los Verdes han apoyado la revisión del régimen fiscal.