En agosto de 1994, Carlos Bueren, titular del juzgado número 1 de la Audiencia Nacional, decretaba su ingreso en prisión por presunta colaboración con ETA. La mayoría de la redacción de «Interviú» y de otras revistas nacionales, así como no pocos políticos e intelectuales, se solidarizaron entonces con él. «Pepe -llegaron a escribir de él-, ese gran solidario, ese gran periodista con mayúsculas, ese denunciante de los fondos de reptiles del que tanto charlatán deslenguado vive». Poco después era juzgado y absuelto. (...)

(...)el 18 de enero del 2001 vuelve a ser detenido y encarcelado, tras una operación de corazón a la que había sido sometido. Según el sumario, en su despacho se encontraron informes de dieciséis empresas, cuatro de las cuales fueron objeto de un atentado de ETA. Y la Sección Cuarta de la Sala de lo Penal de la Audiencia Nacional ratifica el procesamiento dictado por el juez Garzón. Rei es acusado de un presunto delito de colaboración con banda armada (Se dijo que «José Rei señalaba blancos para los ataques de ETA»). A partir de este momento, su nombre es puesto en la picota por no pocos políticos y periodistas, muchos de los cuales, tras haber apoyado su liberación, pasan luego a guardar silencio e incluso llegan a manifestarse en su contra. (...)

Mi impresión particular es que toda la información que sale al mercado sobre el proceder de Pepe Rei (...) puede estar teñida por el sentimiento de venganza anti-etarra que hoy en día planea sobre toda España. Y espero que al menos los jueces no se dejen guiar por esta emotividad, sino que hagan lo que deben hacer, que es, sencilla y libremente, justicia.