El pacto firmado en junio de 2007 entre PSN, IU y NaBai abarcó en su día seis importantes ayuntamientos de Nafarroa, los de Atarrabia, Altsasu, Barañain, Burlata, Erriberri y Zizur Nagusia, concediendo la alcaldía al partido más votado en cada municipio. Nafarroa Bai, que se estrenaba en las instituciones municipales, se adjudicó de esta manera el tercer Ayuntamiento de Nafarroa, el de Barañain, con 22.400 habitantes. Un año después, es UPN quien porta la vara de mando de la localidad, tras la moción de censura presentada por el PSN que desbancó al anterior alcalde, Floren Luqui.

Aunque este caso no muestra diferencias internas sino la rotura por parte del PSN del pacto global sellado en 2007, se suma a los problemas registrados por NaBai en los ayuntamientos fruto de las divisiones en el seno de la coalición. Lizarra y Altsasu son los dos últimos casos.

El primer problema interno estalló a principios de año en Zizur Nagusia, donde la concejala de NaBai Arantxa Arenzana, titular de Cultura, denunció sentirse discriminada por el hecho de ser mujer por parte del alcalde de la localidad, Pedro Huarte, también de NaBai. El alcalde desmintió la acusación y, con el apoyo de la Permanente de NaBai -Txentxo Jiménez afirmó que la edil había «salido rana»- cesó de sus cargos a Arenzana. El PSN, al hilo de ello, decidió salir del gobierno de coalición, dejando en minoría un ejecutivo formado por IU y la coalición. Desde entonces, la alcaldía está en manos del PSOE.

Ya en octubre de 2007, Batzarre reconocía discrepancias «importantes», sobre todo en el tema de las liberaciones con sueldo de los tenientes alcaldes en los ayuntamientos de Iruñerria, defendidas por la Permanente de NaBai y rechazadas sin embargo por Batzarre. Ya en junio de este año, el teniente alcalde de Burlata Josema Urroz, de Aralar, ha renunciado a la liberación por su cargo -cobraba 40.000 euros al año- por no considerarla «rentable».

El debate de la ubicación de la Ciudad de la Carne sacó a relucir nuevas desavenencias. En apenas 24 horas se mezclaron hasta en cuatro ocasiones las opiniones contrarias sobre la posible ubicación del proyecto en Irunberri. Primero fue Txentxo Jiménez quien apoyó la localización de Irunberri, al tiempo que el grupo municipal de NaBai en el pueblo se mostraba contrario. Al día siguiente, Patxi Zabaleta defendió la propuesta de Jiménez mientras Joseba Eceolaza críticaba que el grupo parlamentario no hubiera tomado una decisión y criticaba no tener en cuenta a los representantes locales de Irunberri.

Uharte ha sido también escenario de batalla interna. El 24 de mayo, el alcalde Javier Basterra (EA) y el concejal Javier Villarreal, ambos de NaBai, votaron enfrentados en dos de los temas del pleno, en el que Villarreal denunció que los presupuestos elaborados no contenían las propuestas de Batzarre, independientes y Aralar -formación a la que pertenece-. Al poco tiempo el alcalde lo destituiría de sus cargos.

En Lizarra, la candidatura CUE-LKB ha abandonado NaBai, a la que pertenecía tras un pacto con Batzarre, argumentando la diferencia de opiniones respecto al modelo de ciudad. Y esta misma semana, una concejala de NaBai en el Consistorio de Altsasu ha renunciado a su cargo tras el ajuste del ejecutivo local para la entrada de IU.