La acusación particular por la trama corrupta destapada en Cintruénigo está ejercida por el Ayuntamiento de esta localidad y la Mancomunidad de Aguas (integrada por Cascante, Fitero y la localidad cirbonera), mientras que la acusación popular corre a cargo de la izquierda abertzale y Aralar. En los escritos presentados en el Juzgado de Instrucción nº 2 de Tutera, todos ellos piden que Faustino León sea imputado por responsabilidad en las denominadas «caja B» y «caja C» del Ayuntamiento de Cintruénigo, donde ejerció como alcalde entre los años 1995 y 2007. De momento, sólo está imputado el ex secretario municipal, José María González Sesma, acusado del control de los fondos de ambas cajas secretas.

La «caja B», cuya apertura se atribuye al anterior alcalde de Cintruénigo, Carlos Chivite, en 1992, se nutría del importe de los trabajos que operarios municipales de esta localidad hacían para la Mancomunidad de Aguas. Los fondos ni se ingresaban en el Ayuntamiento ni se contabilizaban, y todavía se desconoce el destino de 34.289 euros. La «caja C» fue abierta por el ex secretario municipal (se jubiló en abril de 2009) y registró entradas por valor de 217.171 euros, procedentes de los pagos del Gobierno de Nafarroa en concepto de devolución del IVA.

Ambas acusaciones entienden que Faustino León consintió las irregularidades cometidas con estos fondos públicos. Por ello, en sus conclusiones provisionales piden que se abra juicio oral y que ambos sean condenados a cuatro años y medio de prisión.

Por su parte, la inspección de Hacienda ha constatado la falsificación de datos entre 2005 y 2009 y reclama casi 70.000 euros a la Mancomunidad de Aguas de estos tres municipios.