El Guggenheim Bilbo es el museo con la entrada más cara de todo el Estado español: 13 euros la entrada individual a las grandes exposiciones temporales, según revela un estudio de la revista «Eroski Consumer». Según dicho informe, que incluye una comparación de precios y visitantes anuales de las 38 pinacotecas más importantes del Estado, esta tarifa está muy por encima de la que cobran otros museos destacados como el Prado, el Reina Sofía y el Thyssen-Bornesmiza (8, 4 y 6 euros, respectivamente).

Dicho estudio indica también que el Bellas Artes de Bilbo es uno de los cinco estatales y el único de los relevantes de Euskal Herria que aumentaron sus precios en 2010, al cobrar 6 euros la entrada frente a los 5,5 que costaba en 2009. En el resto de museos vascos analizados, las entradas oscilan entre la gratuidad en el Museo Bellas Artes de Araba y los 8,5 euros que cobra el Chillida-Leku de Hernani. El Artium de Gasteiz tiene una tarifa denominada «Tú decides» por la que los precios los deciden los propios vivitantes.

En el capítulo de asistentes a los museos en 2009, el estudio de «Eroski Consumer» revela que el Guggenheim de la capital vizcaina perdió 46.321 visitantes con respecto a 2008. Esta cifra sitúa al museo bilbaíno de la marca Guggenheim en sexto lugar de los museos estatales más visitados, por detrás de los madrileós El Prado y el Reina Sofía, que recibieron más de dos millones de visitantes y los catalanes Museu Picasso-Barcelona, Museo Nacional d'Art de Catalunya y la Fundación Joan Miró, que superaron el millón de asistencias. El Bellas Artes de Bilbao también notó la crisis de espectadores al pasar de los 223.197 de 2008 a los 207.978 de 2009.