Después de la caída de Ben Ali el 14 de enero, Ghannouchi ocupó la jefatura interina del Estado durante 16 horas hasta que, como estipula la Constitución, asumió este cargo el presidente del Parlamento, Fouad Mebaza.

Tras licenciarse en Económicas (1966), se trasladó al Estado francés con una beca del Ministerio de Finanzas. A su regreso a Túnez se incorporó a la Secretaría de Estado de Planificación y luego fue secretario de Estado del Ministerio de Planificación y Finanzas. A partir de 1987 fue ministro delegado de Planificación y al año siguiente, ministro. En 1990 asumió la titularidad del Ministerio de Economía y Finanzas y en 1992 la de Cooperación Internacional e Inversión Extranjera. Ghannouchi fue consejero del Banco Central de Túnez (BCT), miembro del Consejo Económico y Social y administrador del Banco de Desarrollo Tunecino y del Banco Nacional de Túnez (BNT). En ocasiones participó en las Asambleas Generales del Banco Africano de Desarrollo (BAD) como gobernador suplente.

Se afilió en su juventud a la Reagrupación Constitucional Democrática (RCD), formación de la que en 1998 fue elegido miembro del Comité Central. En 1999 Ben Ali lo nombró primer ministro.