Especialista en Medicina Legal y en Antropología y Biología Forense, Francisco Etxeberria es un experto en resolver casos casi imposibles. En su dilatada trayectoria profesional destacan las exhumaciones de víctimas del franquismo, siendo el forense que más fosas ha abierto. Él dirigió la primera excavación que se hizo utilizando técnicas científicas y que permitió identificar los restos del abuelo de Emilio Silva, presidente de la Asociación para la Recuperación de la Memoria Histórica.

En 1995, examinó los restos de Joxean Lasa y Joxi Zabala, secuestrados en 1983 y cuyos huesos, que habían sido enterrados en cal viva para borrar cualquier evidencia, aparecieron en Alicante. Su análisis fue decisivo para resolver el caso, y Etxeberria dio también muestras de su rigor profesional al contradecir al forense de Alicante y sostener en el juicio que no se podía probar de modo forense que se les hubieran practicado torturas como arrancarles las uñas.

En una entrevista concedida a GARA en febrero de 2011, afirmó no estar del todo conforme con la sentencia. «Cuando uno ve un cuerpo semimomificado y ve que tienen algodones en las fosas nasales, tiritas en varias partes del cuerpo y apósitos, no solamente las mordazas que tenían en la cara con unas mantas y cintas de empalme, eso te permite decir que a estos individuos, además de los disparos que tenían en la cabeza, antes de llegar a ese punto les ha pasado de todo. En el juicio se enfocó mucho a si se les habían arrancado las uñas o no. Yo dije claramente que no les arrancaron las uñas, pero de lo otro, tiene usted lo que quiera...», manifestó.

Etxeberria comenzó a ejercer como médico forense a comienzos de los ochenta, examinando a detenidos en dependencias policiales, lo que le ha valido más de una amenaza de muerte. «Dentro de las cosas terribles de aquella etapa, recuerdo la muerte, desde luego, pero también el sufrimiento infligido intencionadamente, el maltrato y la tortura eran la norma. Era horroroso ir a la Comandancia de la Guardia Civil, sobre todo en Intxaurrondo y en El Antiguo», recordó.

Su figura también es conocida y respetada al otro lado del Atlántico, especialmente en Chile, donde ha participado en la exhumación del cuerpo del presidente Salvador Allende -determinando que su muerte se debió a un suicidio, tal y como sostenía la familia- y del cantautor Víctor Jara, detenido en el Estadio Nacional de Chile tras el golpe militar de Pinochet.

Además, ha participado como experto en la Comisión de Derechos Humanos para la exhumación de desaparecidos, poniendo como ejemplo la labor que se hace en Chile.