Miguel Courtois es un cineasta fronterizo conocido por títulos que bordean el cine político en su variante de thriller de acción chusca: «El Lobo», «GAL» y «11 M: Historia de un atentado».

«Operación E» marca un punto de inflexión en su carrera, gracias al apoyo del actor Luis Tosar, que se ha implicado en la producción, además de meterse en la piel de un personaje real. Para dar vida a ese cocalero colombiano ha tenido que trabajar el acento hasta expresarse con la naturalidad de un nativo.

Aunque los hechos recreados están directamente relacionados con el caso de Clara Rojas, secuestrada por las FARC, esta no ha dado su visto bueno a la película, por lo que no aparece en ningún momento. El guión es una versión alternativa, que se centra en la figura del campesino que recogió al bebé de la mencionada rehén, cuando le fue entregado por la guerrilla porque se encontraba enfermo.

«Operación E» toma el título del nombre del pequeño, llamado Emmanuel. Para el protagonista la salvación del niño le llevará a una odisea para atravesar la selva en medio del conflicto armado con el ejército colombiano y los paramilitares, habiéndose de ocupar a la vez de su numerosa familia.