El juez de la Audiencia Nacional española Eloy Velasco admitió la querella de la Asociación Pro Derechos Humanos de España (Apdhe) para investigar a catorce militares salvadoreños por su presunta implicación en la muerte de seis jesuitas y dos de sus empleadas en 1989, aunque la causa no se dirigirá contra el ex presidente Alfredo Cristiani. Velasco argumenta en su auto que «no hay base indiciaria suficiente» contra Cristiani, además de que «no se le ha imputado por participación en crímenes terroristas o de otra naturaleza, sino por un delito de encubrimiento que no tiene persecución universal».

En 1991, catorce militares fueron juzgados en El Salvador pero sólo dos fueron condenados. Sólo un año después, quedaron en libertad.