El grupo ecologista Sagarrak ha denunciado que Mercabilbao aprovecha los días de lluvia para realizar «vertidos ilegales» al cauce del río Nerbioi, acusación que fue negada por una representante del mercado central de abastos, que ha explicado que sólo se canalizan hasta el río las aguas pluviales. Sagarrak afirma, sin embargo, que a la altura de Basauri se aprecia que el agua que sale de una tubería de Mercabilbao «es negra y tiene restos de fruta putrefacta». El grupo ecologista informó además de que ha puesto estos hechos en conocimiento de la Ertzaintza y de la Agencia Vasca del Agua.