«El discípulo» ha sufrido una censura previa a su estreno, en forma de presión económica, pues algunas televisiones y grupos inversores retiraron su apoyo debido a la mala prensa generada desde medios católicos conservadores. Entonces, Emilio Ruiz Barrachina acudió al sistema de participaciones, mediante el cual cualquier ciudadano podía convertirse en accionista de la película comprando participaciones a partir de una mínima cantidad simbólica. De tal suerte que el proyecto ha salido adelante con un coste aproximado de tres millones de euros. Cantidad suficiente para contar con un modesto reparto internacional, encabezado por Joel West en el papel de Jesús y Marisa Berenson en el de María Magdalena.

Se ha rodado en inglés para conseguir su distribución internacional, aunque no cuenta con campaña promocional y su único gancho es la polémica suscitada en los medios, ya que nada más presentarse en Lleida comenzaron los ataques. Las localizaciones corresponden a Baza (Granada), que tiene un paisaje parecido al de los santos lugares.

Emilio Ruiz Barrachina se ha basado para su guión en la corriente de estudios recientes sobre la figura de Cristo, y que tienen como punto de partida el libro de David Castchpole «El proceso a Jesús». El líder de la cristiandad es visto como figura humana, alguien que tiene diferencias con su madre, ha perdido a su padre y le queda un hermano. Contra su voluntad, es nombrado por Juan El Bautista su sucesor, y ha de colocarse al frente de un movimiento que mezcla religión y política, ya que los macabeos son ante todo nacionalistas que quieren expulsar de su territorio a los romanos. El asalto al Templo es la acción neurálgica, en cuanto ataque al poder sacerdotal.