Aunque su fundador fue Charles Bonaparte, un miembro de una rama de la familia de Napoleón que se asentó en Baltimore (Maryland) y que en 1908 ocupaba el cargo de ministro de Justicia de EEUU, si hay un nombre que aparece ligado a la historia del FBI es el de J. Edgar Hoover, ya que, no en vano, ocupó el cargo de director la friolera de 48 años, casi la mitad de su historia, desde 1924 a 1972. Al frente del FBI, Hoover se convirtió en el hombre más poderoso de EEUU. La rumorología dice que los presidentes no se atrevían a quitarlo del cargo por miedo a la información que pudiera tener en sus archivos personales. De hecho, Hoover nunca fue destituido y hasta que murió permaneció al frente del FBI.

El nombre de Hoover aparece ligado también a su obsesión anticomunista, el enemigo número uno de EEUU en la época de la Guerra Fría. La «caza de brujas» que el FBI emprendió contra todo lo que sonase a comunista marcó una época en EEUU. Cualquier persona que tuviera una mínima inquietud progresista estaba en el punto de mira del FBI. Y si para investigarle era preciso cruzar el umbral de la legalidad y del respeto de los derechos civiles, se hacía y punto.

Personas tan célebres como Elvis Presley, Frank Sinatra, John Lennon, Jane Fonda, Groucho Marx o Charlie Chaplin fueron investigados por el FBI en época de Hoover.

La primera investigación que el FBI tuvo que desarrollar en 1908, en cambio, poco tiene que ver con sus objetivos actuales, centrados en el «terrorismo» y dirigidos con especial atención a internet. El primer encargo que les hizo el presidente estadounidense, Theodore Roosevelt, fue vigilar casas de prostitución por todo el país. El objetivo de esta práctica era preparar la Ley contra la Trata de Blancas (The White Slave Traffic Act). Evidentemente, la igualdad racial no formaba parte del lenguaje políticamente correcto de la época.

En la década de 1930, el objetivo principal del FBI fue el crimen organizado. Se trataba de detener los asaltos a bancos que en aquel entonces eran frecuentes a lo largo y ancho de EEUU. La manera de solucionar la criminalidad fue contundente y la lista de quienes cayeron bajo las balas de los agentes del FBI es larga: Clyde Barrow y Bonnie Parker (los famosos Bonnie and Clyde), John Dillinger, Baby Face Nelson y Kate Barker son algunos de sus integrantes.

En la década de 1950 y 1960, el punto de mira pasó al emergente movimiento por los derechos civiles, que reclamaba igualdad para los negros en EEUU. Su líder más destacado, el reverendo Martin Luther King, padeció en repetidas ocasiones el acoso del FBI, que grabó numerosas horas de sus actividades. La Policía de Hoover no encontró nada ilegal en King, pero trató de aprovechar grabaciones de contenido sexual para tratar de chantajearle. Según señala en sus memorias Carl Rowan, periodista de «The Washington Post», el FBI llegó a enviar una carta anónima a King incitándole a suicidarse. Quizá por ello, pese a que King estaba permanentemente vigilado, el FBI no fue capaz de impedir que muriera en atentado en Memphis en 1968.

Tampoco pudo impedir la muerte del presidente John F. Kennedy en Dallas en 1963. Sin embargo, el sucesor de Kennedy, Lyndon B. Johnson, reforzó los poderes del FBI tras el atentado, quitando el caso a la Policía de la ciudad texana y aprobando una ley que autorizaba a los agentes de Hoover investigar la muerte de cualquier funcionario federal, incluido el presidente.

Pero el mayor fracaso del FBI en este siglo fue no ser capaz de anticiparse a los atentados del 11-S.