Aralar dijo que su acuerdo con el PNV tenía dos fases. «El primer acuerdo fue la investidura de Xabier Agirre, de que votábamos a favor. La entrada en el Gobierno era una cuestión adicional». Preguntado de nuevo al respecto, Iñaki Aldekoa afirmó: «recordad que fue una votación en la que nosotros apoyamos a Xabier Agirre y salió elegido». Esto no es del todo cierto. En la votación en la que Agirre salió elegido diputado general, Iñaki Aldekoa votó en blanco.

Aquel pleno del 26 de julio de 2007 fue tenso y complicado. Agirre se presentó con el aval inicial de PNV, EA y la coalición EB-Aralar. Aldekoa explicó en su turno de palabra que en la primera votación mantendría la palabra dada a Agirre, pero que para la segunda, la decisiva, «reservamos nuestro voto en función de los datos y nuevas informaciones que pueda haber respecto a posibles conversaciones y sobre todo, quizá, a precisiones sobre temas de programa que puedan incitarnos a valorar de forma muy distinta nuestra posición final». Después insistió en pedir un pacto PNV-PSE. Ante alguna pulla de Agirre sobre cómo un abertzale iba a votar al candidato del PSE, en su segundo turno de palabra quiso dejar claro que no tenía «ningún problema» para ello. Pero como ya se había producido el aviso de ANV de que impediría que Txarli Prieto saliera elegido, Aralar anunció su abstención «como voto de censura» a PNV y PSE «por no haber llegado a ningún acuerdo». Así consta en acta.