En el sumario que instruye el caso Saga, el director general de la SGAE, Enrique Loras, afirma que Bautista dispone de «poderes máximos» e imparte «instrucciones en ocasiones por escrito». Además, añade que «asume las decisiones importantes, tales como constitución o no de empresas, compraventa de edificios, planes estratégicos de la entidad, y cualquier tipo de ampliación de capital del grupo SGAE».

Sin embargo, Bautista afirma en su declaración que aunque es el máximo responsable, su poder «se encuentra muy limitado por lo que marcan los estatutos y siempre deben ser sometidas las decisiones a los órganos colegiados». Asimismo, se escuda en «que todas las decisiones que se adopten tanto en la SGAE como en la SDAE, deben ser supervisadas por el director económico financiero, el cual las envia para su aprobación al Consejo». Bautista admitió además, ante el juez, que pudo ser un error que no tomara como una denuncia fundada la realizada por un socio en una asamblea general en 2007 contra la sociedad Microgénesis, vinculada a José Luis Rodríguez Neri.

En contra de lo planteado por Bautista, el magistrado Pablo Ruz señala que de las «intervenciones telefónicas se desprende que Eduardo Bautista participa de forma activa y tiene la capacidad de decisión última en materias relevantes de la SGAE», apoyando así los planteamientos de Loras; quien también defiende ante el juez que «en los Consejos de Administración de la SDAE no se tomaban muchas decisiones», dado que «era el señor Neri la persona que traía las propuestas consensuadas con el señor Bautista. Si la propuesta sonaba bien, se aprobaba», al carecer de «recursos técnicos para valorarlas».

En lo que respecta a la SDAE (Sociedad Digital de Autores y Editores), Loras afirma que Neri es la persona que se encarga «totalmente» de su gestión y que Bautista es su presidente ejecutivo; añadiendo que cree que pudiera desempeñar funciones similares a las que realiza en la SGAE. Loras, de baja por depresión, confirma que «Neri es una persona de mucha confianza de Teddy. Por último, en las conclusiones del sumario, colaboradores directos de Bautista afirman que éste mantenía un «control efectivo de las decisiones de Gobierno de la SGAE».