La Paramount no obtuvo en el 2009 los beneficios que esperaba con «G.I. Joe», película que además fue una de las más nominadas en los antipremios Razzies. El castigo de la crítica lo acabó pagando el realizador Stephen Sommers, descartado para dirigir la continuación. El obligado relevo lo toma John M. Chu, cineasta de origen asiático deseoso de escapar al encasillamiento en comedias musicales juveniles como «Street Dance» o «Step Up», además del documental sobre el ídolo adolescente Justin Bieber. Centró su candidatura en su pasión por los juguetes de Hasbro y los cómics de Marvel basados en ellos, prefiriendo dejar de lado la serie animada de los 80, que se tuvo más en cuenta para la primera entrega.

El recién llegado toma como principal referencia el álbum de Marvel «Interludio silencioso», escrito por Larry Hama. Por eso hizo que los guionistas Rhett Reese y Paul Wernick hicieran las oportunas modificaciones sobre el borrador inicial del guión, basado argumentalmente en la serie de animación «G.I. Joe: Renegades». El homenaje al mencionado cómic queda patente en la escena del duelo en la montaña, que se ha editado sin música y sin diálogos, respetando el hecho de que en la historieta gráfica apareciese sin texto alguno. Queda bien, gracias a que los ninjas llevan el rostro cubierto y se entregan de lleno a la acción.

John M. Chu ha querido que «G.I. Joe: Retaliation» sea más física que su antecesora, y que la violencia tenga un efecto más de realismo sucio. A pesar de los 185 millones de dólares de presupuesto se ha optado por coreografías de lucha, en lugar de recurrir a la digitalización de la imagen. Hay más enfrentamientos cuerpo a cuerpo entre los G.I. Joe y sus enemigos de COBRA en esta ocasión, si bien hay intérpretes que repiten por ambos bandos. Por los héroes, Channing Tatum y Ray Park; por los villanos, Lee Byung-hun y Arnold Voslo; además de Jonathan Price como el presidente.