Se ncontraba en Tailandia a donde había acudido a impartir unas charlas a otros colegas jesuítas, cuando mientras desayunaba le llamaron por teléfono para comunicarle el asesinato de seis «hermanos» suyos y la cocinera y la hija de ésta en la Universidad Centroamericana de El Salvador. Era el 16 de noviembre de 1989. Una de las personas que estaban con él en aquel instante recuerda a GARA que «el nombre de cada asesinado, martirizado, procunciado al oído de Sobrino, lo sacudía como un tsunami. Llorando, nos dijo: ``Y yo tenía que estar allí, entre ellos. Dios me ha librado. Esto tiene un significado, una misión''».

Cuando la gente sufre y lo hace por culpa de las estructuras humanas que hacen que unos pocos posean tanto y tantísimos posean tan poco y vivan en la miseria, lleva a gente como Jon Sobrino a reflexionar sobre la figura de Jesús de Nazareth. Eso es lo que molesta a las altas esferas vaticanas. El es uno de los últimos referentes históricos de la Teología de la Liberación, aunque en el aspecto teológico-doctrinal pueda ser visto incluso como conservador frente a otros defensores actuales de esta doctrina. Este «aviso» de Roma a sus enseñanzas, afirma José M. Tojeira, rector de la UCA donde Sobrino trabaja, «él sabrá leerlo y ubicarlo. Sabe, por ejemplo, que hay problemas mucho más graves que éste». Agradece en su nombre las muchas muestras de solidaridad, pero «le alegraría más que su pensamiento genere nuevos esfuerzos y compromisos con ese mar inmenso de víctimas y desposeídos de nuestro mundo». Seguro que le preocupa más que esta condena.